1、不会胀气。许多人吃大豆后会感到肠胀气，这是因为大豆中存在胀气因子，即棉子糖和水苏糖等糖苷类物质。而腐乳经过微生物的发酵，这些胀气因子被分解。
2、蛋白质利用率提高。大豆所含的蛋白质是不易被消化吸收的，而经微生物的酶水解后生成了低分子多肽混合物，易于被消化吸收，使得腐乳中蛋白质的消化率从大豆的65.3%升高到96%。大量研究表明，腐乳中所含蛋白质的量和性能完全可以与动物性食品相媲美，且不含胆固醇，因此腐乳是一种含高蛋白的健康食品。
3、B族维生素增加。由于微生物的作用，腐乳中产生的维生素B2含量仅次于乳制品，比豆腐还高6～7倍；维生素B12量仅次于动物肝脏。对于常吃素食的人，经常吃些腐乳有预防恶性贫血和老年性痴呆的功效；维生素B1、尼克酸(又称烟酸)含量也高于一般的食品。
4、异黄酮活性增加。大豆异黄酮是多酚类混合物，具有抗氧化活性，能预防和抑制白血病，具有抗肿瘤功效，尤其对乳腺癌和前列腺癌有积极的预防和治疗作用。研究表明，大豆经水洗加工后会降低异黄酮含量，但发酵并不影响其含量，而且能改变异黄酮的种类。未发酵的大豆制品中，异黄酮主要是以黄酮葡萄糖苷的形式存在，发酵后的腐乳在真菌的水解酶作用下使苷大量水解，变成游离型异黄酮苷原，而游离的苷原具有更广泛、更强烈的抗菌、抗氧化和雌激素样活性。这些糖原具有良好的溶解性和低粘度、抗凝胶形成性，可以被肠道有效地吸收。
5、降低胆固醇。腐乳中的脂肪是不饱和脂肪酸，本身又不含胆固醇，大量实验动物研究表明，腐乳中的蛋白质疏水性成分能与胆酸结合，降低动物体内胆固醇的吸收及胆酸的再吸收。在动物体及人体上的许多研究结果也都证实，这种蛋白质具有降低胆固醇的作用，所以它比含高胆固醇的奶酪更有益于健康。
